Os inibidores da Ctag2l1 podem influenciar indiretamente a atividade da Ctag2l1 ao afetar as vias e processos relacionados. Estes inibidores são diversos e actuam em várias etapas da síntese e modificação de proteínas e de ARNt. A metionina sulfoximina, por exemplo, pode prejudicar indiretamente os processos metabólicos do ARNt ao afetar a disponibilidade de aminoácidos. A cicloheximida e a anisomicina perturbam a síntese de proteínas, o que pode afetar indiretamente as interacções proteína-proteína no complexo citoplasmático EKC/KEOPS. O papel da tunicamicina na inibição da glicosilação pode afetar a estabilidade e a função do complexo, enquanto o efeito da cloroquina na atividade lisossomal e na autofagia pode também influenciar indiretamente os complexos proteicos citoplasmáticos.
Compostos como a Puromicina, a Pactamicina, a Neomicina, a Emetina, a Harringtonina e a Homoharringtonina interagem com o ribossoma para inibir a síntese proteica em diferentes fases. Ao perturbar a síntese proteica, esses compostos podem impedir a formação ou o funcionamento correto de complexos proteicos, como o EKC/KEOPS, limitando a disponibilidade dos componentes proteicos necessários. Os efeitos da oligomicina nos níveis de ATP podem ter um impacto de grande alcance no metabolismo celular, incluindo processos que requerem energia, como a modificação do ARNt.
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