A Estaurosporina e a Genisteína são inibidores da quinase que impedem a fosforilação das proteínas, uma modificação pós-tradução que regula frequentemente a atividade das proteínas. A rapamicina e o LY294002 têm como alvo específico os componentes da via PI3K/AKT/mTOR, um eixo de sinalização fundamental que controla o crescimento e a sobrevivência das células, podendo assim afetar as proteínas reguladas por esta via. Além disso, o PD98059 e o SB203580 são inibidores selectivos das vias MAPK, que são fundamentais para a proliferação celular, a diferenciação e as respostas ao stress.
O NF449 perturba a sinalização dos receptores acoplados à proteína G, enquanto a ciclopamina antagoniza a via do ouriço, ambas essenciais para numerosos processos celulares. O ZM 447439 impede a ação das cinases Aurora, que são essenciais para a divisão celular, e pode afetar proteínas associadas ao ciclo celular. O U73122 inibe a fosfolipase C, influenciando as moléculas de sinalização subsequentes e alterando potencialmente as proteínas que dependem da sinalização do cálcio. O inibidor do proteassoma Bortezomib é conhecido por elevar os níveis de muitas proteínas ao impedir a sua degradação, o que poderia alterar a abundância e a atividade de várias proteínas, incluindo a D55. A tapsigargina perturba as reservas de cálcio ao inibir a bomba SERCA, afectando potencialmente as proteínas dependentes do cálcio.
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