La estaurosporina y la genisteína son inhibidores de las cinasas que impiden la fosforilación de las proteínas, una modificación postraduccional que a menudo regula su actividad. La rapamicina y el LY294002 se dirigen específicamente a componentes de la vía PI3K/AKT/mTOR, un eje de señalización clave que controla el crecimiento y la supervivencia de las células, por lo que podrían afectar a las proteínas reguladas por esta vía. Además, PD98059 y SB203580 son inhibidores selectivos de las vías MAPK, críticas para la proliferación, diferenciación y respuesta al estrés celular.
El NF449 interrumpe la señalización de los receptores acoplados a proteínas G, mientras que la ciclopamina antagoniza la vía Hedgehog, ambas integrantes de numerosos procesos celulares. ZM 447439 impide la acción de las Aurora quinasas, esenciales para la división celular, y podría afectar a proteínas asociadas al ciclo celular. El U73122 inhibe la fosfolipasa C, influyendo en las moléculas de señalización corriente abajo y alterando potencialmente las proteínas que dependen de la señalización del calcio. Se sabe que el inhibidor del proteasoma Bortezomib aumenta los niveles de muchas proteínas al impedir su degradación, lo que podría cambiar la abundancia y actividad de varias proteínas, incluida la D55. Elapsigargina altera los depósitos de calcio al inhibir la bomba SERCA, lo que podría afectar a las proteínas dependientes del calcio.
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