Os inibidores da CNTD2, embora não sejam reconhecidos por uma classe química única, são compostos diversos que interagem com vários componentes e vias celulares para inibir indiretamente a função da CNTD2. Estes compostos químicos funcionam através de diferentes mecanismos que convergem para o resultado comum de perturbar o meio intracelular e os mecanismos de transportam essenciais para a atividade da CNTD2. Por exemplo, os agentes que têm como alvo os elementos do citoesqueleto, como a colchicina e o paclitaxel, exercem os seus efeitos através da desestabilização ou da estabilização excessiva da rede de microtúbulos. Esta alteração da dinâmica dos microtúbulos pode dificultar o tráfico intracelular da CNTD2, impedindo-a de atingir os locais subcelulares onde está activada ou de interagir com outras proteínas necessárias para a sua função.
A blebistatina e outros fármacos que afectam o citoesqueleto de actina actuam perturbando a dinâmica dos filamentos de actina. O citoesqueleto, composto por microtúbulos e filamentos de actina, é essencial para o tráfico e a localização de componentes celulares, incluindo proteínas como a CNTD2. Ao impedir a atividade da ATPase da miosina II, a blebistatina impede a miosina de gerar a força necessária para a contração muscular e outras formas de movimento celular. Este facto tem impacto em processos celulares como a citocinese, a manutenção da forma celular e o movimento de vesículas e organelos no interior da célula. Consequentemente, a distribuição e a função adequadas da CNTD2 no interior da célula podem ser comprometidas, levando à sua inibição funcional.
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