A estatisporina é um conhecido inibidor de cinase com um amplo espetro de alvos, capaz de interromper várias cascatas de sinalização que frequentemente regulam a função das proteínas através da fosforilação. O paclitaxel, um estabilizador de microtúbulos, pode influenciar indiretamente as proteínas que dependem da dinâmica dos microtúbulos para a sua função ou localização adequadas. A ciclopamina, ao inibir a via do ouriço, pode afetar proteínas que estão envolvidas ou são reguladas por esta via de sinalização do desenvolvimento.
O bortezomib e o MG132 são inibidores do proteasoma; impedem a degradação das proteínas, causando potencialmente uma acumulação de proteínas, incluindo proteínas mal dobradas ou danificadas, que podem influenciar numerosos processos celulares. O LY294002 e o PD98059 são inibidores das vias PI3K/Akt e MAPK/ERK, respetivamente, que estão envolvidas na sobrevivência, proliferação e diferenciação celulares, e podem ter impacto nas proteínas reguladas por estas vias. O SB431542 funciona como um inibidor do recetor TGF-beta, o que pode ter impacto nas proteínas envolvidas na via de sinalização TGF-beta, afectando processos como a proliferação e a diferenciação celular. O U0126, semelhante ao PD98059, inibe seletivamente a MEK e pode influenciar a via de sinalização MAPK/ERK. A rapamicina inibe a mTOR, um regulador-chave do crescimento e do metabolismo celular, e pode afetar proteínas subsequentes à via da mTOR. A NSC23766 inibe a Rac1, que está envolvida na regulação do citoesqueleto de actina, influenciando potencialmente as proteínas associadas à estrutura e sinalização celular. O Z-VAD-FMK é um inibidor da caspase que pode afetar as vias apoptóticas, influenciando potencialmente as proteínas que regulam ou são activadas por processos dependentes da caspase.
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