Sabe-se que compostos como a Wortmannin e o LY294002 inibem a PI3K, uma cinase que desempenha um papel fundamental no crescimento e sobrevivência das células. Ao inibir esta cinase, estes compostos podem modular a função das proteínas que são reguladas pela via PI3K/Akt. O PD98059 e o U0126, que visam especificamente a MEK1/2 no âmbito da via MAPK/ERK, podem alterar a atividade de proteínas que fazem parte desta cascata de sinalização, uma via crítica para a proliferação e diferenciação celular. Além disso, inibidores como o SB203580 e o SP600125 têm como alvo cinases responsivas ao stress, como a p38 MAPK e a JNK, respetivamente. Estas enzimas estão envolvidas na resposta celular ao stress e à apoptose, e a sua inibição pode afetar proteínas associadas a estas vias. Compostos como a rapamicina, que inibe a mTOR, podem perturbar processos como a síntese proteica e a autofagia, afectando proteínas que são reguladas pela sinalização mTOR.
Os inibidores que visam funções celulares fundamentais incluem a Brefeldina A, a Tunicamicina e a Thapsigargina. A brefeldina A interrompe o transporte do ER para o Golgi, afectando as proteínas envolvidas no tráfico vesicular. A tunicamicina bloqueia a glicosilação ligada à N, alterando a estabilidade e a função das proteínas glicosiladas. A tapsigargina inibe a bomba SERCA, perturbando a homeostase do cálcio, o que pode afetar as proteínas associadas à sinalização do cálcio. A ciclosporina A, ao inibir a calcineurina, pode alterar a função de proteínas envolvidas na ativação das células T e outros mecanismos de sinalização, enquanto a 2-Deoxi-D-glicose, ao inibir a glicólise, pode afetar proteínas envolvidas na regulação metabólica.
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