Inibidores como a estaurosporina e o U0126 funcionam impedindo a atividade das cinases, que são cruciais para a fosforilação e ativação de muitas proteínas envolvidas nas vias de sinalização. Compostos como o LY294002 e a wortmannina têm como alvo cinases específicas da via PI3K/AKT/mTOR, um canal central para sinais que regulam o crescimento, a proliferação e a sobrevivência das células. Estes inibidores podem modular a atividade de proteínas que são reguladas por eventos de fosforilação e desfosforilação.
Do mesmo modo, a rapamicina e os seus análogos inibem a via mTOR, que está profundamente integrada na síntese proteica e na autofagia, afectando uma vasta gama de funções celulares. A brefeldina A e a cicloheximida, por outro lado, perturbam processos celulares fundamentais, como o transportam e a síntese de proteínas, respetivamente, afectando assim a função proteica em grande escala. Compostos como a 2-Deoxi-D-glicose interferem com as vias de produção de energia, como a glicólise, o que pode afetar as proteínas que necessitam de ATP para a sua atividade. O MG132 inibe o sistema ubiquitina-proteassoma, levando à acumulação de proteínas que são normalmente alvo de degradação, afectando potencialmente a renovação e a função das proteínas.
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