Os inibidores químicos da proteína C2orf62 podem atuar através de vários mecanismos moleculares para impedir a sua função. A floretina interrompe o transporte de glicose ao inibir os transportadores de glicose, o que pode limitar o fornecimento de energia necessário para a atividade da C2orf62. A genisteína tem como alvo as tirosina quinases, enzimas que são cruciais para a fosforilação das proteínas, um processo químico que pode modificar a atividade das proteínas, incluindo a do C2orf62. A esturosporina, conhecida pelas suas amplas capacidades de inibição das cinases, pode obstruir múltiplas vias de ação das cinases que podem ser vitais para a função do C2orf62. O LY294002 e a Wortmannin são ambos inibidores da PI3K; ao impedirem a atividade da PI3K, afectam as vias de sinalização que regulam vários processos celulares, incluindo os processos em que a C2orf62 pode estar envolvida, levando a uma diminuição da sua atividade.
Afectando ainda mais as vias de sinalização, o PD98059 e o U0126 são inibidores da MEK, que por sua vez faz parte da via MAPK/ERK. Esta via desempenha um papel significativo na regulação das funções das proteínas envolvidas no crescimento e sobrevivência celular, que inclui C2orf62. O SB203580 e o SP600125 têm como alvo diferentes componentes das vias de sinalização MAPK, especificamente a p38 MAP quinase e a JNK, respetivamente. A sua inibição pode perturbar os mecanismos reguladores que controlam a atividade do C2orf62. A rapamicina impede a via mTOR, que é central para o crescimento celular e o metabolismo, afectando o ambiente celular da função C2orf62. Por último, a PP2 e a NSC 23766 interferem nos processos de sinalização relacionados com a dinâmica do citoesqueleto e com várias funções celulares, com a PP2 a inibir as cinases da família Src e a NSC 23766 a visar a Rac1, podendo ambas influenciar a atividade da proteína C2orf62.
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