Os inibidores do C1orf69 englobam uma variedade de compostos químicos que suprimem a atividade funcional do C1orf69 através de interacções com diferentes vias de sinalização ou processos biológicos. Por exemplo, a rapamicina, ao inibir o mTOR, um regulador principal do crescimento celular e do metabolismo, diminui potencialmente a atividade do C1orf69 se estiver associada a estas vias. Do mesmo modo, o inibidor do proteassoma Bortezomib poderia impedir o papel do C1orf69 na degradação das proteínas, impedindo a sua renovação normal. Se o C1orf69 necessitar da Hsp90 para a sua estabilidade ou função, o inibidor da Hsp90 17-AAG também reduziria a sua atividade ao interferir com a dobragem e a função adequadas da proteína. Os inibidores da quinase, como a Staurosporina e o SP600125, que inibem cinases de largo espetro e especificamente a JNK, podem diminuir a atividade do C1orf69 se este for regulado por fosforilação através destas cinases.
Além disso, os inibidores da PI3K, LY 294002 e Wortmannin, diminuiriam a atividade do C1orf69 ao atenuar a via de sinalização PI3K/Akt, partindo do princípio de que o C1orf69 funciona a jusante da PI3K. Os inibidores de MEK PD 98059 e U0126, ao bloquearem a via MAPK/ERK, reduziriam a sua atividade se se tratasse de um efector a jusante. A ciclopamina inibiria a via Hedgehog, levando à redução da atividade do C1orf69, se este fizer parte desta via. A inibição da p38 MAPK pelo SB 203580 poderia levar a uma diminuição da atividade funcional do C1orf69 na sinalização da resposta ao stress. Por último, o ZM-447439, como inibidor da quinase Aurora, poderia suprimir a atividade do C1orf69 durante a regulação do ciclo celular se o C1orf69 depender da atividade da quinase Aurora. Cada inibidor actua por um mecanismo distinto, mas todos convergem para o resultado comum de diminuir a atividade funcional do C1orf69 nas suas vias associadas.
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