Os inibidores químicos da C12orf50 têm como alvo várias cinases envolvidas na regulação do ciclo celular, afectando assim a atividade desta proteína. A alsterpaulona, a olomoucina, a roscovitina, a indirrubina-3'-monoxima, o flavopiridol, o purvalanol A, o CR8 e o dinaciclib partilham um mecanismo de ação comum, inibindo as cinases dependentes da ciclina (CDK). Estas CDKs são essenciais para a regulação do ciclo celular e a sua inibição pode perturbar as vias de sinalização necessárias para que o C12orf50 funcione corretamente. A alsterpaulona, em particular, actua visando diretamente estas cinases, impedindo assim o papel do C12orf50 na progressão do ciclo celular. Do mesmo modo, a olomoucina e a roscovitina suprimem a atividade das CDK, o que leva a uma inibição indireta do C12orf50. Esta supressão pode parar o ciclo celular, limitando efetivamente o papel do C12orf50 neste processo vital. A indirrubina-3'-monoxima também bloqueia as CDK, que podem ser necessárias para a função reguladora da C12orf50 na divisão celular, inibindo assim a proteína ao interromper os sinais essenciais do ciclo celular.
Além disso, o flavopiridol e o purvalanol A inibem as CDK, que são potencialmente cruciais para a atividade da C12orf50 no controlo do ciclo celular. Ao bloquear estas cinases, o flavopiridol pode interromper o ciclo celular e inibir indiretamente a atividade do C12orf50. O purvalanol A partilha esta via de inibição, obstruindo a progressão do ciclo celular e as vias de transdução de sinal em que o C12orf50 está envolvido. Para além do domínio das CDK, o TG003 tem como alvo as CDC-like kinases (CLKs), que podem influenciar o splicing de transcrições de mRNA para várias proteínas, possivelmente incluindo o C12orf50. Esta inibição pode alterar o processamento do ARNm do C12orf50, afectando assim indiretamente a sua atividade. Além disso, o Harmine tem como alvo a DYRK1A, que está envolvida na fosforilação de proteínas nas vias de sinalização onde o C12orf50 pode funcionar, inibindo assim indiretamente o C12orf50. Por último, a 5-Iodotubercidina e o AZD5438, através da sua ação sobre as adenosina quinases e CDKs, respetivamente, podem afetar os processos dependentes de ATP e a progressão do ciclo celular, que são importantes para a atividade funcional do C12orf50, levando à sua inibição.
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