Os inibidores de C11orf46 constituem um grupo diversificado de compostos que exercem os seus efeitos inibitórios através da interferência em cascatas de sinalização específicas. Por exemplo, o LY294002 e a Wortmannin têm como alvo a enzima PI3K, um elemento fundamental da via de sinalização PI3K/Akt. A atividade funcional do C11orf46 depende potencialmente dos eventos de fosforilação mediados pela Akt. Ao impedirem a capacidade da PI3K de catalisar a conversão de PIP2 em PIP3, estes inibidores impedem a ativação da Akt, o que, por sua vez, pode levar à inibição de quaisquer efectores a jusante, incluindo o C11orf46.
Compostos como o U0126 e o PD98059, conhecidos inibidores da MEK, afectariam o C11orf46 se este estivesse ligado à via MAPK/ERK. Estes inibidores bloqueiam especificamente a ativação da MEK, que está a montante da ERK. Esta prevenção da fosforilação de ERK e subsequente ativação resultaria numa redução da sinalização através da via MAPK/ERK. Uma vez que esta via está envolvida numa vasta gama de processos celulares, incluindo o crescimento e a diferenciação, a inibição da MEK poderia levar a uma diminuição da atividade do C11orf46 se este for regulado por ou fizer parte desta via.
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