Os inibidores do C11orf42 representam uma classe de compostos que afectam indiretamente a atividade funcional da proteína C11orf42 através da modulação das vias de sinalização celular com as quais o C11orf42 pode interagir. Por exemplo, o LY294002 e a Wortmannin são inibidores potentes da via PI3K/AKT, que é fundamental para numerosas funções celulares, incluindo a sobrevivência, o crescimento e a proliferação das células. A inibição desta via por estes compostos poderia levar à redução das actividades celulares que dependem da função do C11orf42, se este fizer parte desta cascata de sinalização. Da mesma forma, PD98059 e U0126 têm como alvo a enzima MEK, que é fundamental na via MAPK/ERK, uma via frequentemente associada à diferenciação e proliferação celular. Se o C11orf42 opera nesta via ou é regulado por ela, a inibição provocada por estes compostos poderia resultar numa diminuição da atividade do C11orf42.
Além disso, o SB203580 e o SP600125 visam especificamente as vias p38 MAPK e JNK, respetivamente, ambas envolvidas nas respostas celulares ao stress e à apoptose. A inibição destas cinases pode levar a uma redução da atividade de C11orf42 se esta proteína desempenhar um papel na resposta ao stress ou na sinalização apoptótica.
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