Os inibidores químicos do BAZ2B funcionam através de vários mecanismos para impedir o seu papel na remodelação da cromatina e no reconhecimento de histonas metiladas ou acetiladas. O C646 actua inibindo seletivamente a p300, uma histona acetiltransferase que pode acetilar o BAZ2B, reduzindo assim a sua capacidade de se ligar eficazmente aos nucleossomas. Do mesmo modo, o Garcinol e o Ácido Anacárdico têm como alvo o p300 e o PCAF, outra histona acetiltransferase que, quando inibida, resulta numa diminuição da acetilação do BAZ2B, limitando a sua atividade de remodelação da cromatina. A curcumina interrompe a função do BAZ2B inibindo a atividade HAT do p300, que é essencial para a acetilação e subsequente ativação do BAZ2B. Esta perturbação conduz a uma diminuição da capacidade do BAZ2B para modular a estrutura da cromatina.
Inibidores como o BIX-01294 e o UNC0638 têm como alvo a capacidade de reconhecimento da metilação do BAZ2B. O BIX-01294 inibe a G9a HMTase, que metila os resíduos de histona que o BAZ2B reconhece e se liga. O UNC0638 dificulta ainda mais a função do BAZ2B ao inibir as histona metiltransferases G9a e GLP, reduzindo a interação do BAZ2B com a cromatina devido a uma diminuição do substrato de ligação. A caetocina e a 3-Deazaneplanocina A também reduzem a metilação das histonas, com a caetocina a inibir a SUV39H1 e a 3-Deazaneplanocina A a ter como alvo a EZH2, o que, em ambos os casos, conduziria a uma diminuição da capacidade do BAZ2B para se ligar às histonas metiladas que lhe são destinadas. O entinostato, um inibidor da HDAC de classe I, aumenta a acetilação das histonas, interferindo possivelmente na interação do BAZ2B com as histonas metiladas. A quercetina inibe as cinases responsáveis pela fosforilação do BAZ2B, que é necessária para a sua atividade, reduzindo assim indiretamente a sua função. O MG-132 impede a degradação proteasómica das proteínas, o que poderia interferir com a sinalização dependente da ubiquitina necessária para a atividade do BAZ2B. Finalmente, o I-CBP112 compete com o BAZ2B na ligação às lisinas acetiladas das histonas devido à inibição dos bromodomínios do CBP/p300, impedindo a ligação do BAZ2B à cromatina e a sua função subsequente.
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