Compostos como a Coenzima Q10 e o NAD+ fazem parte integrante da cadeia de transporte de electrões, assegurando o fluxo necessário de electrões para a síntese de ATP, na qual o ATPAF2 está intrinsecamente envolvido. Outros, como o resveratrol e o AICAR, funcionam através da ativação das sirtuínas e da AMPK, respetivamente, ambas conhecidas por promoverem a biogénese mitocondrial e aumentarem a capacidade energética global da célula. Isto, por sua vez, pode proporcionar um ambiente mais favorável para a função do ATPAF2 na montagem da ATP sintase.
Além disso, compostos como o ácido alfa-lipóico e a espermidina fornecem um apoio alargado à saúde mitocondrial, o primeiro através da sua capacidade antioxidante e o segundo através da promoção da autofagia, que pode levar à renovação das mitocôndrias danificadas e à formação de novas mitocôndrias. A creatina mono-hidratada e o piruvato de sódio funcionam como tampões e substratos energéticos, apoiando as necessidades energéticas da célula e, por extensão, as actividades de proteínas mitocondriais como a ATPAF2. Agentes como a pioglitazona, o ácido dicloroacético, o bezafibrato e o cloridrato de 1,1-dimetilbiguanida, embora normalmente associados à regulação metabólica, podem também influenciar a dinâmica mitocondrial. Ao activarem vários aspectos da maquinaria celular que rege a produção e a manutenção das mitocôndrias, estes compostos podem criar um ambiente interno que promove a atividade dos factores de montagem da ATP sintase, incluindo o ATPAF2.
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