Os inibidores da ATP9B podem atuar modulando a homeostase do cálcio, a glicosilação e o transporte de proteínas nas células, bem como perturbando o metabolismo e o transporte de lípidos. A tapsigargina, um inibidor da bomba SERCA, perturba a homeostase do cálcio no retículo endoplasmático, conduzindo a um aumento dos níveis de cálcio citosólico que pode afetar a atividade de translocação de fosfolípidos da ATP9B. A tunicamicina, um inibidor da glicosilação ligada à N, e a brefeldina A, que inibe o transporte de proteínas do retículo endoplasmático para o aparelho de Golgi, podem alterar o estado de glicosilação e a localização da ATP9B, respetivamente, afectando assim a sua função. Os ionóforos, como a monensina e a nigericina, perturbam os gradientes de iões através das membranas celulares, o que poderia interferir com a atividade de transporte de fosfolípidos da ATP9B.
Além disso, a ATP9B pode ser indiretamente inibida por substâncias químicas que perturbam o metabolismo lipídico e a sinalização. A Wortmannin e o LY294002, ambos inibidores da fosfoinositídeo 3-quinases (PI3K), esgotam os lípidos PIP2 e PIP3 que podem ser substratos para a ATP9B. Consequentemente, a disponibilidade destes lípidos poderia ser um fator determinante da atividade da ATP9B. O U73122, um inibidor da fosfolipase C, impede a formação de IP3 e DAG a partir de PIP2, o que poderia alterar a disponibilidade de substratos para a ATP9B, inibindo assim a sua função.
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