Os inibidores químicos da ATP11B podem impedir a função da proteína através de uma variedade de mecanismos, todos convergindo para a inibição da atividade ATPase que é central para a sua função. A ouabaína e a digoxina, por exemplo, exercem o seu efeito inibidor visando especificamente a Na+/K+-ATPase, que, por sua vez, pode afetar indiretamente a ATP11B devido à dependência partilhada de gradientes iónicos que são cruciais para manter a atividade da ATPase. A função adequada da ATP11B depende do potencial eletroquímico através das membranas celulares e a perturbação destes gradientes iónicos pela ouabaína e pela digoxina pode inibir a sua atividade. A tapsigargina actua como um inibidor das bombas SERCA, levando a uma alteração da homeostase do cálcio; esta alteração pode afetar negativamente a ATP11B se a função da proteína for regulada pela sinalização do cálcio. A brefeldina A perturba o tráfico de proteínas no interior do aparelho de Golgi, o que pode impedir a localização e a função adequadas da ATP11B, uma vez que o seu funcionamento pode depender de um tráfico celular correto para desempenhar o seu papel.
Além disso, a monensina, como ionóforo de sódio, perturba os gradientes iónicos, que são fundamentais para a atividade da ATP11B como ATPase dependente de iões. Esta perturbação pode levar à inibição funcional da ATP11B. O vanadato actua como um análogo do fosfato e pode desestabilizar o ciclo de fosforilação da ATP11B, inibindo a sua atividade ao perturbar a ligação e a hidrólise do ATP. A oligomicina, embora seja tradicionalmente um inibidor das ATPases do tipo F, pode afetar indiretamente a ATP11B ao perturbar os gradientes de protões, que são potencialmente vitais para a utilização de energia da ATP11B. A azida interfere com as ATPases ao impedir o processo de fosforilação, que é essencial para a hidrólise do ATP pela ATP11B. O verapamil, como bloqueador dos canais de cálcio, pode inibir indiretamente a ATP11B se a proteína necessitar de níveis de cálcio bem ajustados para a sua função. O fluoreto de berílio compete com o ATP no local ativo da ATP11B, inibindo potencialmente a fosforilação necessária para a hidrólise do ATP. A catequina, conhecida por inibir as ATPases, pode ligar-se à ATP11B, interferindo assim com a ligação ou a hidrólise do ATP e inibindo a função da proteína. Por último, a N-etilmaleimida, que alquila os grupos tiol, pode modificar os resíduos de cisteína e inibir as ATPases, afectando potencialmente a função catalítica da ATP11B ao alterar o seu sítio ativo.
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