Os inibidores químicos da Atg9b visam várias fases da via da autofagia para impedir a sua função. A 3-metiladenina e a Wortmannina são ambos inibidores da fosfatidilinositol 3-quinase (PI3K) de classe III, uma enzima essencial para o início da autofagia. Estes inibidores impedem a formação de autofagossomas, inibindo assim a incorporação de Atg9b na membrana autofágica. Do mesmo modo, o LY294002, outro inibidor da PI3K, impede o processo de nucleação das vesículas, que é um pré-requisito para a atividade da Atg9b. O SAR405 e o PIK-III, que visam especificamente o complexo Vps34 e o Vps34 PI3K, respetivamente, afectam criticamente a nucleação das vesículas autofágicas, levando a uma inibição funcional da Atg9b. A Spautin-1 inibe indiretamente a Atg9b, promovendo a degradação da PI3K e perturbando a via da autofagia, afectando assim o papel da Atg9b na formação de autofagossomas.
Além disso, tanto a hidroxicloroquina como a cloroquina aumentam o pH lisossómico, o que perturba a degradação dos autofagossomas, um processo em que a Atg9b está envolvida. Esta alteração do pH inibe indiretamente a função da Atg9b ao interferir com a maturação dos autofagossomas. A bafilomicina A1 e a concanamicina A, ambos inibidores da V-ATPase, impedem a acidificação dos lisossomas, crucial para a fusão autofagossoma-lisossoma, inibindo indiretamente a Atg9b ao perturbar o fluxo autofágico. O Torin 1 e o Ku-0063794, como inibidores do mTOR, induzem inicialmente a autofagia; no entanto, com a exposição prolongada, inibem a maturação dos autofagossomas. Esta perturbação do processo normal de autofagia serve para inibir funcionalmente a Atg9b, interferindo com o seu papel na maturação dos autofagossomas, demonstrando como a modulação dos sinais autofágicos a montante e as condições celulares podem levar à inibição funcional da Atg9b.
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