Os activadores de AGPS constituem um grupo diversificado de moléculas que podem afetar indiretamente a atividade da Alquilglicerona Fosfato Sintase (AGPS). Estas moléculas podem não se ligar ou interagir diretamente com a AGPS, mas podem influenciar a sua atividade, afectando a disponibilidade dos seus substratos ou cofactores, ou influenciando outros processos envolvidos na via de biossíntese dos lípidos de éter. A sua disponibilidade pode aumentar diretamente a atividade do AGPS, resultando num aumento da produção de lípidos de éter.
Outras moléculas, como a dioctanoilfosfatidilcolina, o ácido palmítico e o ácido esteárico, podem influenciar a atividade dos AGPS, aumentando a disponibilidade de substratos. Estas moléculas podem ser utilizadas para sintetizar fosfatos de alquilglicerona, os produtos da reação catalisada por AGPS. O glicerol e o ácido fosfórico podem ser utilizados para sintetizar fosfato de glicerona, um substrato direto de AGPS. Do mesmo modo, a L-serina, o cloreto de colina, a etanolamina e o inositol podem participar na síntese da fosfatidilcolina e da fosfatidiletanolamina, moléculas envolvidas na via de biossíntese dos lípidos éteres. Assim, o aumento da disponibilidade destes precursores pode indiretamente aumentar a atividade dos AGPS.
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