AGPS活性化因子は、アルキルグリセロンリン酸合成酵素(AGPS)の活性に間接的に影響を与えることができる多様な分子群である。これらの分子はAGPSと直接結合したり相互作用したりはしないが、基質や補酵素の利用可能性に影響を与えたり、エーテル脂質の生合成経路に関与する他のプロセスに影響を与えたりすることで、その活性に影響を与えることができる。このような分子には、それぞれAGPSの直接基質と補酵素であるグリセロンリン酸とFADが含まれる。グリセロンリン酸とFADはそれぞれAGPSの直接の基質と補酵素である。
ジオクタノイルホスファチジルコリン、パルミチン酸、ステアリン酸のような他の分子は、基質の利用性を高めることによってAGPSの活性に影響を与えることができる。これらの分子は、AGPS触媒反応の生成物であるアルキルグリセロンリン酸エステルの合成に使用できる。グリセロールとリン酸は、AGPSの直接基質であるグリセロンリン酸エステルの合成に使用できる。同様に、L-セリン、塩化コリン、エタノールアミン、イノシトールは、エーテル脂質の生合成経路に関与する分子であるホスファチジルコリンとホスファチジルエタノールアミンの合成に関与することができる。したがって、これらの前駆物質の利用可能性を高めることは、間接的にAGPSの活性を高めることになる。
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