Os activadores químicos da proteína 46 associada aos cílios e aos flagelos podem envolver várias vias de sinalização para iniciar a sua ativação funcional. A forskolina, por exemplo, é conhecida pela sua capacidade de estimular diretamente a adenilato ciclase, aumentando assim os níveis intracelulares de AMPc. Esta elevação do AMPc pode levar à ativação da proteína quinase A (PKA), que pode então fosforilar os cílios e a proteína 46 associada aos flagelos, aumentando a sua atividade. Do mesmo modo, o IBMX inibe as fosfodiesterases, que degradam o AMPc, mantendo assim os seus níveis na célula e apoiando indiretamente a ativação da PKA, que pode fosforilar os cílios e a proteína 46 associada aos flagelos. Outro ativador, o forbol 12-miristato 13-acetato (PMA), tem como alvo a proteína quinase C (PKC), que é uma quinase conhecida por fosforilar um vasto conjunto de proteínas. Após a ativação, a PKC pode ter como alvo a proteína 46 associada aos cílios e aos flagelos, levando à sua ativação através de fosforilação direta.
Além disso, a ionomicina e o A23187 exercem os seus efeitos aumentando as concentrações de cálcio intracelular, o que pode ativar uma série de cinases dependentes do cálcio. Estas cinases, por sua vez, têm o potencial de fosforilar e ativar os cílios e a proteína 46 associada aos flagelos. A tapsigargina actua através da inibição da bomba SERCA, conduzindo a um aumento semelhante do cálcio intracelular que pode desencadear a ativação dos cílios e da proteína 46 associada aos flagelos através de elementos sensíveis ao cálcio. Os inibidores da fosfatase, como o ácido ocadaico e a calicilina A, impedem a desfosforilação das proteínas, mantendo assim os cílios e a proteína 46 associada aos flagelos num estado fosforilado e, por conseguinte, ativo. A anisomicina ativa as proteínas cinases activadas pelo stress, que podem ter como alvo a proteína 46 associada aos cílios e aos flagelos para fosforilação e consequente ativação. A molécula lipídica ácido fosfatídico pode iniciar a cascata de sinalização mTOR, que inclui cinases capazes de fosforilar a proteína 46 associada aos cílios e aos flagelos, enquanto a oleoiletanolamida ativa os receptores PPAR que podem estimular as cinases a fosforilar e ativar esta proteína. Por último, a esfingosina-1-fosfato, através dos seus receptores acoplados à proteína G, pode ativar cinases a jusante que são potenciais activadores da proteína 46 associada aos cílios e aos flagelos através de eventos de fosforilação.
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