Plasmide CRISPR/Cas9 KO TDP1 (h): sc-405057

Présentation

La tyrosyl-ADN phosphodiestérase 1 (TDP1) est une enzyme nucléaire de réparation de l’ADN qui hydrolyse les liaisons covalentes 3′-phosphotyrosyl formées lorsque la topoisomérase I se retrouve piégée sur l’ADN, ainsi que d’autres extrémités 3′ de l’ADN bloquées. En coordination avec les voies de réparation des cassures simple brin et de réparation par excision de base, notamment via des interactions avec PARP1, XRCC1 et l’ADN ligase III, TDP1 contribue à restaurer des extrémités ligatables et à préserver la stabilité du génome en contexte de stress de transcription et de réplication. La perte ou l’altération de TDP1 perturbe la résolution des adduits Top1-ADN, augmentant l’accumulation de cassures des brins d’ADN et de lésions associées à la réplication. Le dysfonctionnement de TDP1 est lié à des phénotypes neurodégénératifs tels que l’ataxie spinocérébelleuse avec neuropathie axonale et présente un intérêt général pour l’étude de la tolérance aux dommages de l’ADN et des réponses cellulaires au stress génotoxique.

Le plasmide CRISPR/Cas9 KO TDP1 (h) est un ensemble de plasmides conçus pour la disruption ciblée du gène TDP1 dans les lignées cellulaires human. Chaque plasmide co-exprime un ARN guide unique (sgRNA) ciblant un site distinct au sein du TDP1, ainsi que la nucléase Cas9 de Streptococcus pyogenes. Les plasmides codent également pour la GFP, ce qui permet l'identification par fluorescence et l'enrichissement des cellules transfectées avec succès par microscopie à fluorescence ou cytométrie en flux.

La conception multi-guide augmente la probabilité de générer des insertions ou des délétions (indels) qui perturbent le cadre de lecture ouvert TDP1 à la suite de la formation de cassures double brin médiées par Cas9. Les cassures d'ADN introduites par le système CRISPR/Cas9 sont réparées par des voies endogènes de jonction non homologue (NHEJ), ce qui entraîne fréquemment des mutations par décalage du cadre de lecture qui suppriment l'expression de la protéine TDP1.

Ce système de knock-out CRISPR permet la génération efficace de modèles cellulaires déficients en TDP1 pour l'étude de la signalisation de TDP1, les études de génomique fonctionnelle, la recherche en biologie du cancer et l'évaluation des réponses thérapeutiques dans des lignées cellulaires humaines.

Caractéristiques principales

• sgRNA ciblant le ou les exons de TDP1 essentiels à la fonction de TDP1
  Co-expression de SpCas9 et de sgRNA à partir d'un seul plasmide pour une administration simplifiée
  Rapporteur GFP pour l'identification des cellules transfectées
  Pool de plasmides ciblant plusieurs sites génomiques de TDP1 pour améliorer l'efficacité du knock-out
  Compatible avec l'administration par transfection

Variantes de conception

CRISPR +/- HDR

• Les gRNA codés par le TDP1 plasmide CRISPR/Cas9 KO (h) et le TDP1 plasmide CRISPR/Cas9 KO (h2) ciblent des sites distincts au sein du locus TDP1. Une ou les deux conceptions de ciblage peuvent être disponibles. Voir les produits associés pour connaître la disponibilité.
  Les constructions donneuses HDR codées par le TDP1 plasmide HDR (h) et le TDP1 (h2) contiennent une cassette de résistance à la puromycine et un rapporteur RFP flanqué de bras d'homologie TDP1 pour permettre la réparation dirigée par homologie au niveau de sites cibles TDP1 définis correspondant aux conceptions CRISPR/Cas9 KO. La disponibilité des donneurs HDR peut varier. Voir les produits associés pour connaître la disponibilité.

Réservé à la recherche. N'est pas destiné à un usage diagnostique ou thérapeutique.