Plasmide CRISPR/Cas9 KO SETX (h): sc-402354

Présentation

SETX (senataxine) code une hélicase ADN/ARN qui résout les R-loops et d’autres structures secondaires des acides nucléiques générées pendant la transcription, coordonnant ainsi l’élongation transcriptionnelle avec le maintien du génome. Elle agit à l’interface entre la réponse aux dommages de l’ADN couplée à la transcription, le contrôle du stress réplicatif et le traitement des ARN, en contribuant à limiter les cassures double brin et les recombinaisons aberrantes au niveau des loci activement transcrits. L’activité de SETX est liée à des voies impliquant l’ARN polymérase II, des facteurs de réparation de l’ADN et la surveillance des complexes transcriptionnels bloqués. La dérégulation ou les mutations de SETX sont associées à des phénotypes neurodégénératifs et à des syndromes d’instabilité génomique, ce qui en fait une cible pertinente pour des études mécanistiques des dommages de l’ADN associés à la transcription et de la vulnérabilité neuronale.

Le plasmide CRISPR/Cas9 KO SETX (h) est un ensemble de plasmides conçus pour la disruption ciblée du gène SETX dans les lignées cellulaires human. Chaque plasmide co-exprime un ARN guide unique (sgRNA) ciblant un site distinct au sein du SETX, ainsi que la nucléase Cas9 de Streptococcus pyogenes. Les plasmides codent également pour la GFP, ce qui permet l'identification par fluorescence et l'enrichissement des cellules transfectées avec succès par microscopie à fluorescence ou cytométrie en flux.

La conception multi-guide augmente la probabilité de générer des insertions ou des délétions (indels) qui perturbent le cadre de lecture ouvert SETX à la suite de la formation de cassures double brin médiées par Cas9. Les cassures d'ADN introduites par le système CRISPR/Cas9 sont réparées par des voies endogènes de jonction non homologue (NHEJ), ce qui entraîne fréquemment des mutations par décalage du cadre de lecture qui suppriment l'expression de la protéine SETX.

Ce système de knock-out CRISPR permet la génération efficace de modèles cellulaires déficients en SETX pour l'étude de la signalisation de SETX, les études de génomique fonctionnelle, la recherche en biologie du cancer et l'évaluation des réponses thérapeutiques dans des lignées cellulaires humaines.

Caractéristiques principales

• sgRNA ciblant le ou les exons de SETX essentiels à la fonction de SETX
  Co-expression de SpCas9 et de sgRNA à partir d'un seul plasmide pour une administration simplifiée
  Rapporteur GFP pour l'identification des cellules transfectées
  Pool de plasmides ciblant plusieurs sites génomiques de SETX pour améliorer l'efficacité du knock-out
  Compatible avec l'administration par transfection

Variantes de conception

CRISPR +/- HDR

• Les gRNA codés par le SETX plasmide CRISPR/Cas9 KO (h) et le SETX plasmide CRISPR/Cas9 KO (h2) ciblent des sites distincts au sein du locus SETX. Une ou les deux conceptions de ciblage peuvent être disponibles. Voir les produits associés pour connaître la disponibilité.
  Les constructions donneuses HDR codées par le SETX plasmide HDR (h) et le SETX (h2) contiennent une cassette de résistance à la puromycine et un rapporteur RFP flanqué de bras d'homologie SETX pour permettre la réparation dirigée par homologie au niveau de sites cibles SETX définis correspondant aux conceptions CRISPR/Cas9 KO. La disponibilité des donneurs HDR peut varier. Voir les produits associés pour connaître la disponibilité.

Réservé à la recherche. N'est pas destiné à un usage diagnostique ou thérapeutique.