Plasmide CRISPR/Cas9 KO HIF PHD3 (h): sc-403671

Présentation

EGLN3 code la prolyl-hydroxylase 3 de HIF (PHD3), une dioxygénase sensible à l’oxygène qui hydroxyle les sous-unités HIF-α de manière dépendante de l’oxygène et du 2‑oxoglutarate, favorisant l’ubiquitination médiée par VHL et la dégradation protéasomale. Via cette voie canonique de l’hypoxie, PHD3 contribue à ajuster les programmes transcriptionnels qui contrôlent l’angiogenèse, le métabolisme glycolytique, l’érythropoïèse et la survie cellulaire en réponse aux variations de la pression en oxygène. L’activité d’EGLN3 croise également le métabolisme mitochondrial et la signalisation des espèces réactives de l’oxygène, reliant l’état nutritionnel et la disponibilité en oxygène à une expression génique adaptative. Une dérégulation de l’expression ou de la fonction d’EGLN3/PHD3 a été associée à des réponses hypoxiques altérées en oncologie, au stress cellulaire lié à l’ischémie et dans des contextes de tumeurs neuroendocrines, ce qui en fait un nœud mécanistique pertinent pour la recherche sur l’hypoxie.

Le plasmide CRISPR/Cas9 KO HIF PHD3 (h) est un ensemble de plasmides conçus pour la disruption ciblée du gène EGLN3 dans les lignées cellulaires human. Chaque plasmide co-exprime un ARN guide unique (sgRNA) ciblant un site distinct au sein du EGLN3, ainsi que la nucléase Cas9 de Streptococcus pyogenes. Les plasmides codent également pour la GFP, ce qui permet l'identification par fluorescence et l'enrichissement des cellules transfectées avec succès par microscopie à fluorescence ou cytométrie en flux.

La conception multi-guide augmente la probabilité de générer des insertions ou des délétions (indels) qui perturbent le cadre de lecture ouvert EGLN3 à la suite de la formation de cassures double brin médiées par Cas9. Les cassures d'ADN introduites par le système CRISPR/Cas9 sont réparées par des voies endogènes de jonction non homologue (NHEJ), ce qui entraîne fréquemment des mutations par décalage du cadre de lecture qui suppriment l'expression de la protéine HIF PHD3.

Ce système de knock-out CRISPR permet la génération efficace de modèles cellulaires déficients en EGLN3 pour l'étude de la signalisation de HIF PHD3, les études de génomique fonctionnelle, la recherche en biologie du cancer et l'évaluation des réponses thérapeutiques dans des lignées cellulaires humaines.

Caractéristiques principales

• sgRNA ciblant le ou les exons de EGLN3 essentiels à la fonction de HIF PHD3
  Co-expression de SpCas9 et de sgRNA à partir d'un seul plasmide pour une administration simplifiée
  Rapporteur GFP pour l'identification des cellules transfectées
  Pool de plasmides ciblant plusieurs sites génomiques de EGLN3 pour améliorer l'efficacité du knock-out
  Compatible avec l'administration par transfection

Variantes de conception

CRISPR +/- HDR

• Les gRNA codés par le HIF PHD3 plasmide CRISPR/Cas9 KO (h) et le HIF PHD3 plasmide CRISPR/Cas9 KO (h2) ciblent des sites distincts au sein du locus EGLN3. Une ou les deux conceptions de ciblage peuvent être disponibles. Voir les produits associés pour connaître la disponibilité.
  Les constructions donneuses HDR codées par le HIF PHD3 plasmide HDR (h) et le HIF PHD3 (h2) contiennent une cassette de résistance à la puromycine et un rapporteur RFP flanqué de bras d'homologie EGLN3 pour permettre la réparation dirigée par homologie au niveau de sites cibles EGLN3 définis correspondant aux conceptions CRISPR/Cas9 KO. La disponibilité des donneurs HDR peut varier. Voir les produits associés pour connaître la disponibilité.

Réservé à la recherche. N'est pas destiné à un usage diagnostique ou thérapeutique.