Plasmide CRISPR/Cas9 KO DDX18 (h): sc-406057

Présentation

DDX18 code une hélicase à ARN de type DEAD-box localisée au nucléole, qui couple le remodelage de l’ARN dépendant de l’ATP à la biogenèse des ribosomes et au traitement de l’ARN. DDX18 participe à la maturation du pré-ARNr, à l’assemblage des particules pré-ribosomiques et à la coordination des réponses au stress nucléolaire qui influencent la progression du cycle cellulaire et la capacité globale de synthèse protéique. Une perturbation de la fonction de DDX18 peut désorganiser le traitement de l’ARNr et l’homéostasie de la traduction, reliant ce facteur aux programmes de contrôle de la prolifération et de maintien du génome. Une expression modifiée ou une dépendance à DDX18 a été observée dans des études transcriptionnelles et fonctionnelles liées au cancer, ce qui étaye son utilisation comme nœud mécanistique dans le métabolisme de l’ARN associé à la croissance.

Le plasmide CRISPR/Cas9 KO DDX18 (h) est un ensemble de plasmides conçus pour la disruption ciblée du gène DDX18 dans les lignées cellulaires human. Chaque plasmide co-exprime un ARN guide unique (sgRNA) ciblant un site distinct au sein du DDX18, ainsi que la nucléase Cas9 de Streptococcus pyogenes. Les plasmides codent également pour la GFP, ce qui permet l'identification par fluorescence et l'enrichissement des cellules transfectées avec succès par microscopie à fluorescence ou cytométrie en flux.

La conception multi-guide augmente la probabilité de générer des insertions ou des délétions (indels) qui perturbent le cadre de lecture ouvert DDX18 à la suite de la formation de cassures double brin médiées par Cas9. Les cassures d'ADN introduites par le système CRISPR/Cas9 sont réparées par des voies endogènes de jonction non homologue (NHEJ), ce qui entraîne fréquemment des mutations par décalage du cadre de lecture qui suppriment l'expression de la protéine DDX18.

Ce système de knock-out CRISPR permet la génération efficace de modèles cellulaires déficients en DDX18 pour l'étude de la signalisation de DDX18, les études de génomique fonctionnelle, la recherche en biologie du cancer et l'évaluation des réponses thérapeutiques dans des lignées cellulaires humaines.

Caractéristiques principales

• sgRNA ciblant le ou les exons de DDX18 essentiels à la fonction de DDX18
  Co-expression de SpCas9 et de sgRNA à partir d'un seul plasmide pour une administration simplifiée
  Rapporteur GFP pour l'identification des cellules transfectées
  Pool de plasmides ciblant plusieurs sites génomiques de DDX18 pour améliorer l'efficacité du knock-out
  Compatible avec l'administration par transfection

Variantes de conception

CRISPR +/- HDR

• Les gRNA codés par le DDX18 plasmide CRISPR/Cas9 KO (h) et le DDX18 plasmide CRISPR/Cas9 KO (h2) ciblent des sites distincts au sein du locus DDX18. Une ou les deux conceptions de ciblage peuvent être disponibles. Voir les produits associés pour connaître la disponibilité.
  Les constructions donneuses HDR codées par le DDX18 plasmide HDR (h) et le DDX18 (h2) contiennent une cassette de résistance à la puromycine et un rapporteur RFP flanqué de bras d'homologie DDX18 pour permettre la réparation dirigée par homologie au niveau de sites cibles DDX18 définis correspondant aux conceptions CRISPR/Cas9 KO. La disponibilité des donneurs HDR peut varier. Voir les produits associés pour connaître la disponibilité.

Réservé à la recherche. N'est pas destiné à un usage diagnostique ou thérapeutique.