NT5C3 억제제는 주로 효소의 활성에 간접적으로 영향을 미치는 방식으로 작용합니다. 이는 주로 뉴클레오티드 풀과 대사의 조절을 통해 이루어집니다. CMP와 m7GMP에 특이적인 친화력을 갖는 NT5C3는 이러한 기질의 가용성과 회전율에 의존하여 활동합니다. 따라서 이 범주의 억제제는 뉴클레오타이드의 합성, 분해 또는 가용성에 영향을 미치는 경로를 표적으로 삼는 경우가 많습니다. 예를 들어 펜토스타틴과 2-클로로-2′-데옥시아데노신은 각각 아데노신 데아미나제 및 뉴클레오타이드 합성 경로에 작용합니다. 이러한 억제제는 뉴클레오티드 풀의 평형을 변화시킴으로써 NT5C3가 선호하는 기질의 가용성을 간접적으로 감소시켜 그 활성을 감소시킬 수 있습니다. 마찬가지로 뉴클레오티드 유사체인 넬라라빈과 플루다라빈은 핵산 합성을 방해하여 뉴클레오티드 풀을 수정함으로써 NT5C3에 간접적으로 영향을 미칠 수 있습니다.
또한 리바비린과 티아조푸린과 같은 화합물은 뉴클레오티드 구조를 모방하여 뉴클레오티드 대사를 변화시켜 NT5C3의 활성에 간접적으로 영향을 미칠 수 있습니다. 마이코페놀산과 하이드록시우레아는 뉴클레오티드 합성 경로의 주요 효소를 표적으로 하여 뉴클레오티드 풀을 변경하고 NT5C3의 간접적인 억제를 유도합니다. 이러한 화합물에 의한 NT5C3의 억제는 직접적인 상호 작용이 아니라 뉴클레오타이드 대사에 대한 주요 작용의 결과라는 점에 유의하는 것이 중요합니다. 이는 서로 다른 생화학 경로 간의 복잡한 상호 작용과 관련 경로를 조절하여 특정 단백질을 간접적으로 표적화할 수 있는 가능성을 강조합니다. 이러한 억제제는 NT5C3 활성을 조절할 수 있는 광범위한 메커니즘을 제공하여 세포 대사의 복잡한 특성에 대한 통찰력을 제공합니다.
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