칼코코1의 화학적 억제제는 칼코코1이 관여하는 것으로 알려진 자가포식 과정의 다양한 단계를 방해하여 기능을 합니다. 바필로마이신 A1과 콘카나마이신 A는 세포 내 소포를 산성화하는 데 필수적인 V-ATPase 복합체를 표적으로 합니다. 이러한 화학 물질은 이러한 산성화를 억제함으로써 오토파지솜의 성숙과 이후 리소좀과의 융합을 방지하는데, 이 과정에서 칼코코1이 관련되어 있습니다. 마찬가지로 클로로퀸과 그보다 강력한 유도체인 Lys05는 리소좀의 pH를 높여 자가 리소좀 내 분해 과정을 손상시켜 자가포식 회전율과 관련된 CALCOCO1의 기능을 억제합니다. 또한 모넨신은 리소좀 산성화를 방해하여 CALCOCO1이 기능을 발휘하는 중요한 단계인 오토파지좀과 리소좀 사이의 융합을 방해합니다.
반면에 3-메틸아데닌, 워트마닌, LY294002, 스파우틴-1과 같은 화학 물질은 다양한 종류의 포스파티딜이노시톨 3키나제(PI3K)를 억제하거나 이들의 복합체 분해를 촉진하여 오토파지좀의 핵 형성 및 형성에 필수적인 복합체의 분해를 촉진합니다. 이러한 억제제는 자가포식체 형성의 초기 단계를 막음으로써 초기 단계에서 경로를 차단하여 칼코코1이 이후 단계의 자가포식에 참여하지 못하게 함으로써 기능적으로 칼코코1을 억제합니다. 또한 빈블라스틴과 파클리탁셀은 CALCOCO1 기능에 필수적인 세포 이동 경로인 자가포식체 이동과 최종적으로 리소좀과의 융합에 중요한 미세소관의 역학을 방해합니다. SAR405는 특히 자가포식 개시에서 중추적인 역할을 하는 Vps34 PI3K 복합체를 억제합니다. Vps34의 억제는 오토파지솜 형성에 직접적인 영향을 미쳐 자가포식 경로에서 CALCOCO1의 기능을 억제합니다.
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