Plasmide CRISPR/Cas9 KO DDX46 (h): sc-407298

Présentation

DDX46 code une hélicase d’ARN ATP-dépendante qui constitue un composant central du snRNP U5 au sein du spliceosome, contribuant à l’épissage du pré-ARNm et à la fidélité du choix des sites d’épissage. En remodelant les complexes ARN–protéines lors de l’assemblage du spliceosome et de son activation catalytique, DDX46 influence la maturation des transcrits, les programmes d’épissage alternatif et, en aval, la composition du protéome. Une perturbation de l’activité des hélicases spliceosomales peut modifier des réseaux de traitement de l’ARN qui régulent la progression du cycle cellulaire, les réponses aux dommages de l’ADN et des sorties transcriptionnelles adaptées au stress. Un fonctionnement déréglé de la machinerie d’épissage, y compris des facteurs associés à U5, est largement impliqué dans le remodelage oncogénique du transcriptome ainsi que dans des mécanismes de maladies neurodéveloppementales et neurodégénératives, ce qui fait de DDX46 un nœud utile pour les études de biologie de l’ARN.

Le plasmide CRISPR/Cas9 KO DDX46 (h) est un ensemble de plasmides conçus pour la disruption ciblée du gène DDX46 dans les lignées cellulaires human. Chaque plasmide co-exprime un ARN guide unique (sgRNA) ciblant un site distinct au sein du DDX46, ainsi que la nucléase Cas9 de Streptococcus pyogenes. Les plasmides codent également pour la GFP, ce qui permet l'identification par fluorescence et l'enrichissement des cellules transfectées avec succès par microscopie à fluorescence ou cytométrie en flux.

La conception multi-guide augmente la probabilité de générer des insertions ou des délétions (indels) qui perturbent le cadre de lecture ouvert DDX46 à la suite de la formation de cassures double brin médiées par Cas9. Les cassures d'ADN introduites par le système CRISPR/Cas9 sont réparées par des voies endogènes de jonction non homologue (NHEJ), ce qui entraîne fréquemment des mutations par décalage du cadre de lecture qui suppriment l'expression de la protéine DDX46.

Ce système de knock-out CRISPR permet la génération efficace de modèles cellulaires déficients en DDX46 pour l'étude de la signalisation de DDX46, les études de génomique fonctionnelle, la recherche en biologie du cancer et l'évaluation des réponses thérapeutiques dans des lignées cellulaires humaines.

Caractéristiques principales

• sgRNA ciblant le ou les exons de DDX46 essentiels à la fonction de DDX46
  Co-expression de SpCas9 et de sgRNA à partir d'un seul plasmide pour une administration simplifiée
  Rapporteur GFP pour l'identification des cellules transfectées
  Pool de plasmides ciblant plusieurs sites génomiques de DDX46 pour améliorer l'efficacité du knock-out
  Compatible avec l'administration par transfection

Variantes de conception

CRISPR +/- HDR

• Les gRNA codés par le DDX46 plasmide CRISPR/Cas9 KO (h) et le DDX46 plasmide CRISPR/Cas9 KO (h2) ciblent des sites distincts au sein du locus DDX46. Une ou les deux conceptions de ciblage peuvent être disponibles. Voir les produits associés pour connaître la disponibilité.
  Les constructions donneuses HDR codées par le DDX46 plasmide HDR (h) et le DDX46 (h2) contiennent une cassette de résistance à la puromycine et un rapporteur RFP flanqué de bras d'homologie DDX46 pour permettre la réparation dirigée par homologie au niveau de sites cibles DDX46 définis correspondant aux conceptions CRISPR/Cas9 KO. La disponibilité des donneurs HDR peut varier. Voir les produits associés pour connaître la disponibilité.

Réservé à la recherche. N'est pas destiné à un usage diagnostique ou thérapeutique.