ザイギン1の化学的阻害剤は、様々な作用機序によってその効果を発揮するが、主に神経細胞の発生におけるタンパク質の機能にとって重要な細胞骨格構成要素を標的とする。例えばコルヒチンは、細胞内輸送と細胞形状の維持に不可欠なプロセスである微小管重合を破壊する。コルヒチンはチューブリンと結合することで、ザイギン1が軸索伸長に依存している微小管の適切な集合を阻害する。同様に、ノコダゾールはβ-チューブリンに結合することによって微小管の集合を阻害し、神経細胞の発生におけるザイギン1の機能を阻害する。一方、パクリタキセルは微小管に対して逆の作用を示す。微小管を安定化し、その分解を防ぐのである。この過安定化はまた、ザイギン1が活性を示す軸索伸長に関連した微小管機能に必要な動的バランスを崩壊させる可能性がある。
アクチン細胞骨格はザイギン1阻害剤のもう一つの標的である。ラトルンクリンAとサイトカラシンDはアクチン重合を阻害するが、そのメカニズムは異なる。ラトルンクリンAはアクチン単量体に結合し、重合を阻害し、一方サイトカラシンDはアクチンフィラメントの有棘末端に結合し、伸長を阻害する。どちらの作用も、神経突起伸長のために組織化されたアクチン細胞骨格を必要とするザイギン1の阻害をもたらす。対照的に、ジャスプラキノライドとファロイジンはアクチンフィラメントを安定化させ、必要な細胞骨格の再配列を妨げることにより、同様にザイギン1の機能を阻害する。さらに、zygin 1の機能はアクチン-ミオシン相互作用に影響を与える化合物によって影響を受ける;blebbistatinはミオシンII ATPase活性を阻害し、ML-7はミオシン軽鎖キナーゼを標的とする。さらに、Y-27632とSMIFH2は、それぞれストレスファイバーの形成とホルミンを介したアクチンの集合を阻害することによってアクチン細胞骨格を破壊し、CK-636は新しいアクチンフィラメントの核形成に関与するArp2/3複合体を阻害する。これらの多様なメカニズムのそれぞれが、神経細胞の構造動態におけるザイギン1の役割に影響を与える可能性がある。
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