SB203580、SP600125、LY294002、ラパマイシン、PD98059などのキナーゼ阻害剤は、細胞内シグナル伝達ネットワーク内の主要なノードを標的とする。p38、JNK、PI3K、mTOR、MEK1/2などのキナーゼを選択的に阻害することにより、これらの分子は、細胞のリン酸化状況を変化させ、ZNHIT3の発現制御に関係する転写因子やその他の制御タンパク質に影響を及ぼす可能性のある事象のカスケードを引き起こすことができる。プロテインキナーゼCを活性化することで知られるPMAも同様に作用し、ZNHIT3の制御経路と交差するタンパク質の活性に影響を与える可能性がある。
酪酸ナトリウムと5-アザシチジンはクロマチン構造に変化を引き起こし、それによって遺伝子発現プロファイルに影響を与える。酪酸ナトリウムによるヒストン脱アセチル化酵素の阻害は、クロマチン状態をより弛緩させ、ZNHIT3を含む特定の遺伝子の転写を促進する。DNAのメチル化パターンに影響を与える5-アザシチジンも同様に、メチル化によってサイレンシングされている遺伝子をアップレギュレートする可能性がある。フォルスコリンやジブチリル-cAMPのような分子は、細胞内のcAMPレベルを上昇させ、プロテインキナーゼAを活性化する。一方、イオノマイシンは細胞内のカルシウムレベルを上昇させ、ZNHIT3の制御を変化させる可能性のある、さまざまなカルシウム依存性シグナル伝達プロセスを引き起こす可能性がある。ポリフェノールであるエピガロカテキンガレートは、様々なシグナル伝達分子や経路に関与し、その影響力はZNHIT3を支配する制御過程にまで及んでいる。
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