ジスルフィラムは金属イオンと、シスプラチンはDNAとそれぞれ相互作用する。ジスルフィラムの金属イオンとの結合は、ZNF646のようなタンパク質のジンクフィンガードメインの構造を変化させ、DNA結合親和性に影響を与える。シスプラチンはDNA付加体を形成することにより、転写因子のDNAへのアクセスを妨げ、その機能に不可欠なZNF646-DNA相互作用を阻害する可能性がある。
クロロキンとMG132は、オートファジー分解とユビキチン・プロテアソーム系を標的としており、これらはタンパク質のターンオーバーに極めて重要である。これらの経路を調節することによって、これらの化合物は間接的にZNF646のレベルに影響を与えることができる。PD98059、LY294002、およびSP600125は、細胞シグナル伝達カスケードに影響を与えるキナーゼ経路阻害剤であり、転写因子の活性と安定性を調節し、ZNF646が制御する遺伝子発現に影響を与える可能性がある。シグナル伝達経路や転写因子に対するクルクミンの広範な作用は、その多面的な性質から、ZNF646の機能の調節にまで及ぶ可能性がある。最後に、α-アマニチンはmRNAの転写を担うRNAポリメラーゼIIを阻害する。mRNAの合成を抑制することによって、α-アマニチンはZNF646とその標的遺伝子との転写的関与に影響を与える可能性がある。
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