ZNF644阻害剤は、ZNF644の機能的活性を低下させるために、様々な細胞機構や分子機構に干渉する多様な化合物群である。トリコスタチンAやスベロイルアニリドヒドロキサム酸のようなヒストン脱アセチル化酵素阻害剤は、クロマチンの過アセチル化を誘導し、ZNF644のDNA結合能を破壊する。5-アザシチジンや(-)-エピガロカテキン-3-ガレートのようなDNAメチル化酵素阻害剤は低メチル化をもたらし、ZNF644によって調節される遺伝子を含む遺伝子発現プロファイルを変化させ、ZNF644のDNA結合活性を阻害する可能性がある。同様に、RG 108によるDNAメチル化の阻害も、遺伝子制御に対するZNF644の影響力の低下につながる可能性がある。BIX01294やChaetocinのようなクロマチン状態モジュレーターは、それぞれヒストンリジンメチルトランスフェラーゼとヒストンメチルトランスフェラーゼSUV39H1を標的とする。ヒストンのメチル化状態を変化させることによって、これらの化合物はZNF644の標的遺伝子へのアクセス性と制御機能を阻害することができる。
さらに、遺伝子発現に対するZNF644の影響は、他の細胞内シグナル伝達経路や制御タンパク質に影響を与える化合物によって間接的に弱められる可能性がある。例えば、ジスルフィラムはヒストン脱メチル化酵素を阻害することによって、またJQ1はクロマチンからBETブロモドメインタンパク質を置換することによって、ZNF644の制御的役割を減少させるような形で遺伝子発現を変化させることができる。パルテノライドによるNF-κB経路の阻害、PD 0332991によるCDK4/6の標的化、Nutlin-3によるp53の安定化はすべて、細胞状態と遺伝子発現パターンの変化を誘導する。これらの変化は、ZNF644によって共制御されている遺伝子の発現と交差したり、発現を阻害したりして、間接的にZNF644の機能的活性を低下させる可能性がある。総合すると、これらの阻害剤は、ZNF644の遺伝子制御機能を低下させるために、その発現を直接変化させたり、アップレギュレーションを必要とすることなく、その活性を確実に低下させるという、異なる生化学的メカニズムを採用している。
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