ZNF606の化学的阻害剤は、分子レベルでタンパク質の機能を阻害する様々なメカニズムで作用する。パルボシクリブは、細胞周期の進行に不可欠な酵素であるCDK4/6を標的とする。これらのキナーゼを阻害することで、ZNF606が作用する細胞内ターンオーバーとコンテクストが制限され、細胞周期内での機能的能力が制限される可能性がある。もう一つの阻害剤であるオラパリブは、DNA修復プロセスのキープレイヤーであるポリ(ADP-リボース)ポリメラーゼ(PARP)ファミリーを阻害する。そうすることで、この阻害剤は、ZNF606がクロマチンリモデリング因子と相互作用する可能性のあるシステムである、細胞のDNA修復機構を破壊するかもしれない。トリコスタチンAとボリノスタットはヒストン脱アセチル化酵素(HDAC)の阻害剤であり、ヒストンタンパク質からアセチル基を除去する役割を担っている。HDACが阻害されると、クロマチン構造がよりオープンになり、ZNF606がDNAと相互作用して制御機能を発揮するのを妨げる可能性がある。
HDAC3を選択的に標的とするRGFP966や、もう一つのHDAC阻害剤であるMS-275のような追加の阻害剤は、クロマチンアクセシビリティを特異的に変化させ、その結果、ゲノムDNAへのZNF606の結合能を変化させる可能性がある。同様に、BETブロモドメイン阻害剤であるJQ1とI-BET-762は、いずれも転写装置のクロマチンへの動員を阻害し、ZNF606が標的遺伝子に局在して発現を制御する能力を阻害する可能性がある。P300/CBPヒストンアセチルトランスフェラーゼの阻害剤であるA-485は、ヒストンのアセチル化状態を変化させ、ZNF606の活性に必要なクロマチン状態に影響を与える可能性がある。さらに、GSK126はEZH2メチルトランスフェラーゼを阻害するので、遺伝子のメチル化パターンが変化し、ZNF606の遺伝子制御の役割に影響を与える可能性がある。CDK7の共有結合阻害剤であるTHZ1は、遺伝子の転写開始と伸長に重要なRNAポリメラーゼIIのリン酸化を阻害することにより、ZNF606が関与する遺伝子の転写調節を阻害する可能性がある。最後に、CPI-455はKDM5脱メチル化酵素を標的としており、ヒストンメチル化の状況を変化させ、ZNF606のゲノム相互作用と制御活性に影響を与える可能性がある。
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