塩化亜鉛のような化合物は、ZNF563の構造的完全性に直接寄与し、DNA結合能力を高め、その結果、遺伝子転写における制御機能を高める。トリコスタチンAや酪酸ナトリウムはクロマチン構造を変化させ、遺伝子発現調節におけるZNF563の役割に影響を与える。同様に、5-アザシチジンはDNAメチル化パターンに影響を与えることにより、ZNF563の結合および制御機能に影響を与える。
さらに、Genistein、LY294002、PD98059、SP600125のような様々なシグナル伝達経路を標的とする化合物は、それぞれチロシンキナーゼシグナル伝達経路、PI3K/Akt経路、MAPK/ERK経路、JNK経路に作用することにより、ZNF563が作用する細胞内状況に間接的に影響を与える可能性がある。これには、シグナル伝達、増殖、ストレス応答などのプロセスへの関与が含まれる。さらに、レスベラトロール、クルクミン、SB431542、ラパマイシンは、それぞれサーチュイン活性、複数のシグナル伝達経路、TGF-βシグナル伝達、mTOR阻害を調節することにより、細胞環境、特に炎症、酸化ストレス、細胞増殖に関連する経路におけるZNF563の役割に間接的に影響を及ぼす可能性がある。
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