タンパク質ZNF545の化学的阻害剤は、その機能的活性を阻害するために様々なメカニズムを利用している。よく知られたプロテインキナーゼC阻害剤であるスタウロスポリンは、転写因子のリン酸化に不可欠なシグナル伝達経路を破壊する。これらの転写因子はZNF545の活性を制御することができるので、スタウロスポリンの作用はZNF545活性の低下につながる。同様に、ホスホイノシチド3キナーゼ(PI3K)阻害剤であるLY294002とワートマンは、Aktのリン酸化と活性を低下させる。このAkt活性の低下により、ZNF545と相互作用する転写因子の活性が低下し、ZNF545の機能が阻害される可能性がある。mTOR阻害剤であるラパマイシンは、PI3K/Akt/mTOR経路の下流エフェクターの活性を抑制し、細胞増殖条件を変化させ、間接的にZNF545の活性に影響を与える。
さらなる阻害効果は、それぞれp38 MAPキナーゼとJNK経路の阻害剤であるSB203580とSP600125で見られる。これらのキナーゼはどちらもストレス応答経路に関与しており、ZNF545を制御する転写因子の活性を調節することができる。これらのキナーゼを阻害すると、転写因子のリン酸化状態が変化し、ひいては遺伝子発現におけるZNF545の役割に影響を及ぼす。MEK阻害剤であるPD98059とU0126は、ZNF545を制御すると思われる転写因子を含む多くの基質をリン酸化するERKの活性化を阻害する。Srcファミリーキナーゼ阻害剤であるPP2とEGFRチロシンキナーゼの不可逆的阻害剤であるPD168393もまた、転写因子活性の低下に寄与し、ひいてはZNF545の機能的活性を阻害しうる。ROCK阻害剤であるY-27632は、細胞内の転写制御に重要なアクチン細胞骨格の構成を変化させ、間接的にZNF545の活性に影響を与える可能性がある。最後に、IKK-16は、NF-κBシグナル伝達経路のIKKを阻害することにより、遺伝子発現を調節する転写因子であるNF-κBの活性化を防ぎ、その後ZNF545の活性を阻害することができる。
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