細胞内では、ZNF488の活性は、セカンドメッセンジャー分子cAMPに収束する様々なシグナル伝達カスケードを通して調節される。アデニルシクラーゼを直接刺激したり、ホスホジエステラーゼを阻害したりして、細胞内のcAMPレベルを上昇させる分子体は、ZNF488の転写活性を高める可能性がある。このcAMPの増加は、しばしばプロテインキナーゼA(PKA)の活性化を伴う。PKAは、ZNF488やその制御エレメントと相互作用する転写因子を含む無数の下流標的をリン酸化し、それによってその機能的活性を高めることができる。さらに、細胞膜を透過することができるcAMPアナログは、PKAを直接活性化し、ZNF488の活性を増強するような事象のカスケードを導くことができる。おそらく、ZNF488が転写調節に関与しているリン酸化状態やタンパク質間相互作用に影響を与えることによってであろう。
cAMP-PKA軸以外にも、別の経路で間接的にZNF488を活性化する可能性のある小分子が同定されている。特定のリガンドによるグアニンヌクレオチド交換因子であるEpacの活性化は、ZNF488活性を調節しうる低分子GTPaseの活性化を頂点とする明確なシグナル伝達経路を開始する。さらに、ある種の阻害剤によってタンパク質合成機構が阻害されると、ストレス活性化プロテインキナーゼが活性化され、環境ストレスに対するより広範な細胞応答の一部として、ZNF488の活性に影響を及ぼす可能性がある。
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