ZNF45の化学的阻害剤は、DNA結合や遺伝子発現制御に関与するこのジンクフィンガータンパク質の機能に影響を与える様々なシグナル伝達経路と相互作用することができる。スタウロスポリンとGö6976は、多くの細胞プロセスに必須な酵素群であるプロテインキナーゼC(PKC)を標的とする。これらの化学物質によるPKCの阻害は、ZNF45の適切な機能に必要と思われるリン酸化事象を減少させ、その活性を阻害する。同様に、ダサチニブによるSrcファミリーキナーゼおよびBCR-ABLチロシンキナーゼの阻害は、ZNF45が依存するシグナル伝達経路をさらに混乱させる可能性がある。ダサチニブの効果は、チロシンリン酸化がZNF45のようなタンパク質の活性を調節する役割を担っていることを示唆している。
PD98059やSB203580のようなマイトジェン活性化プロテインキナーゼ(MAPK)経路を標的とする阻害剤も、ZNF45に影響を与える可能性がある。PD98059はMAPキナーゼ(MEK)を特異的に阻害し、それによってZNF45を制御しうる経路である細胞外シグナル制御キナーゼ(ERK)経路の活性化を阻止する。一方、SB203580は、ストレスやサイトカインに対する反応に関与するp38 MAPKを阻害する。PD98059とSB203580によるこれらのキナーゼの阻害は、ZNF45の制御機能を促進するシグナル伝達経路を遮断することにより、ZNF45活性の低下をもたらす可能性がある。SP600125やY-27632のような他の化学物質は、それぞれc-Jun N末端キナーゼ(JNK)とRho-associated protein kinase(ROCK)を阻害する。JNKとROCKは転写調節と細胞骨格構成に関与しており、これらは転写因子の局在と活性に重要である。これらのキナーゼを阻害することにより、SP600125とY-27632は、ZNF45の機能に必要なシグナル伝達と構造の枠組みを変えることができる。ホスホイノシチド3キナーゼ(PI3K)の阻害剤であるLY294002とラパマイシン(mTOR)の阻害剤であるラパマイシンは、転写調節におけるZNF45の役割に影響を与えると思われる上流のシグナル伝達経路を破壊する。上皮成長因子受容体(EGFR)チロシンキナーゼを不可逆的に阻害するPD168393と、CDK4/6阻害剤であるパルボシクリブも、それぞれ成長因子シグナル伝達と細胞周期調節を阻害することにより、ZNF45活性の低下につながる可能性があり、ZNF45がより広範な細胞成長と増殖シグナルに関係している可能性を示している。
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