ZNF404の化学的阻害剤は、タンパク質の機能に不可欠な様々な分子経路を通じてその効果を発揮することができる。ダサチニブは、Srcファミリーキナーゼを阻害することにより、ZNF404の活性に不可欠なリン酸化事象を阻害する。同様に、AZD0530とPD173955もこれらのキナーゼを標的とし、ZNF404が依存するシグナル伝達カスケードを抑制する。このようにキナーゼに依存する経路が遮断されることで、ZNF404は最適な機能を発揮できなくなる。パルボシクリブは、CDK4/6を阻害することによって作用する。CDK4/6は、ZNF404が支配する可能性のある細胞周期および増殖機構に影響を及ぼす可能性のあるキナーゼであり、それによってZNF404が調節作用を発揮するのを妨げる。
シグナル伝達経路をさらに下ると、FAK/Pyk2とROCKキナーゼをそれぞれ阻害するPF-562271やY-27632のような化学物質によって、ZNF404の機能が阻害される可能性がある。これらのキナーゼは、細胞接着、遊走、細胞骨格形成の制御に関与しており、ZNF404がその制御を助ける可能性がある。これらの経路を阻害することによって、ZNF404の制御能力は損なわれる。GDC-0941とLY294002は、ZNF404が利用すると思われるPI3K/AKTシグナル伝達経路の重要なキナーゼであるPI3Kを標的とする。この経路が阻害されると、ZNF404の機能に必要な下流のエフェクターの活性が制限される。U0126、SP600125、SB203580は、それぞれMEK1/2、JNK、p38 MAPキナーゼを阻害することにより、MAPKシグナル伝達経路に影響を与える。これらの阻害剤は、ZNF404の潜在的な制御因子であるMAPK/ERKおよびJNK経路の活性の低下にまとめて寄与する。
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