WDR61活性化剤は、WDR61が関与する様々な経路や細胞過程に影響を与えることにより、間接的にWDR61の機能活性を増強する化合物である。WDR61は、RNAポリメラーゼIIに関連するPaf1複合体の一部として、転写伸長において重要な役割を果たしている。BAY 11-7082やTPCA-1などの化合物は、NF-κBを阻害し、転写装置構成成分の安定化をもたらし、その結果、これらのリソースの競合を減らすことによってWDR61の活性を高める。シクロヘキシミドとトリプトライドは、それぞれ異なるメカニズムによる転写阻害剤であるが、転写開始部位または停止したRNAポリメラーゼIIにRNAポリメラーゼIIを蓄積させる。この蓄積は、WDR61を含むPaf1複合体が生産的伸長への移行を指揮することを必要とし、その結果間接的に活性を増強する。同様に、トリコスタチンAはクロマチン構造を変化させ、JQ1はクロマチンリモデリングを阻害することで、よりオープンなクロマチン環境での転写伸長を促進するために、Paf1複合体におけるWDR61の役割に対する要求を生み出している。
さらに、WDR61の活性は、CDK阻害剤であるフラボピリドール、DRB、ジナシクリブなどの化合物によって間接的に増強される。これらの阻害剤により、転写伸長過程は一時停止または制御され、RNAポリメラーゼII活性を再開し制御するためには、Paf1複合体、したがってWDR61の関与が必要となる。MLN4924は、別の経路、すなわち転写に関与する因子を安定化させることができるcullin-RING E3ユビキチンリガーゼのneddylationを阻害することによって作用し、このプロセスにおけるWDR61の役割を間接的に強化する。リボシクリブとPF-477736は、それぞれ細胞周期とDNA損傷応答に影響を及ぼし、転写装置の動態を変化させ、それによってPaf1複合体内でのWDR61の機能への依存性を高めることができる。
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