VWCEの化学的阻害剤は、様々な生化学的経路を通じてその機能を阻害することができる。フェニルアルシンオキシドは、タンパク質チロシンホスファターゼを阻害することで、VWCE活性に悪影響を及ぼすリン酸化状態を亢進させる。同様に、ゲニステインはチロシンキナーゼ阻害剤として、VWCEの適切な機能に必要なリン酸化を防ぐことができる。これらのリン酸化状態はタンパク質の活性にとって重要であり、リン酸化状態を変化させることはVWCEの機能阻害につながる。内分泌撹乱物質であるビスフェノールAは、VWCEの機能に必要なホルモン環境を変化させ、それによってその活性を損なう可能性がある。モネンシンは、VWCEの翻訳後修飾と輸送に役立っているゴルジ装置の機能を破壊するため、VWCEの機能状態を阻害する可能性がある。
VWCEに対する更なる阻害作用は、細胞内輸送と合成経路への干渉によって起こりうる。小胞体からゴルジ体へのタンパク質輸送を阻害するブレフェルジンAは、不適切な輸送と修飾によりVWCEのプロセッシングと機能を阻害すると考えられる。ツニカマイシンはN-結合型グリコシル化を阻害するが、これはVWCEが適切な構造と機能を維持するために必要な修飾であろう。シクロヘキシミドとピューロマイシンはともにタンパク質合成を阻害し、シクロヘキシミドはVWCEの合成を完全に阻害し、ピューロマイシンは翻訳中の早すぎる鎖終結を引き起こし、機能的なVWCEの利用可能性を低下させる。タプシガルギンとトリフルオペラジンは、VWCEの活性に不可欠なカルシウムシグナル伝達経路を阻害し、タプシガルギンはSERCAを阻害し、トリフルオペラジンはカルモジュリンに拮抗する。オリゴマイシンはミトコンドリアATP合成酵素を標的とし、VWCE活性に重要な細胞のエネルギーバランスを変化させる可能性がある。最後に、メビノリンはHMG-CoA還元酵素を阻害することによってコレステロール合成を阻害し、VWCEの機能にとって重要な脂質ラフトと膜動態に影響を与える可能性がある。それぞれの化学物質は、特定の細胞プロセスを標的とすることで、異なるが収束するメカニズムを通して、VWCEの活性を低下させる可能性がある。
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