TSPAN11の化学的阻害剤は、様々なメカニズムで機能し、細胞膜内での活性を阻害する。GW4869は、スフィンゴミエリナーゼを標的とすることで、TSPAN11が活性を示すテトラスパニンが濃縮されたミクロドメインの構成に重要な脂質であるセラミドの形成を阻害する。セラミドがないと、これらのミクロドメインが無秩序になり、これらの構造内でのTSPAN11の機能が阻害される。一方、マヌマイシンAは、TSPAN11が相互作用するタンパク質の翻訳後修飾を担う酵素であるファルネシルトランスフェラーゼを阻害する。この阻害により、TSPAN11の適切な局在化と輸送に必要なファルネシル化が阻害され、その機能に影響を及ぼす。同様に、D609は、膜動態とTSPAN11の機能に不可欠な分子であるジアシルグリセロールの産生に不可欠なホスファチジルコリン特異的ホスホリパーゼCを阻害することにより、TSPAN11の活性を阻害する。
ペリホシンは、細胞膜内でのTSPAN11の局在と機能を制御する経路であるAktシグナルを阻害することにより、TSPAN11を阻害する。酸性スフィンゴミエリナーゼの広範な阻害剤であるイミプラミンも同様に、TSPAN11の脂質ラフトへの結合に重要なセラミドの形成を阻害し、その結果、TSPAN11の機能に影響を及ぼす。プロゲステロンは、TSPAN11と会合するシグマ1受容体との相互作用を通して、TSPAN11の機能的相互作用を破壊することができる。U73122は、ホスホリパーゼCを阻害することにより、TSPAN11が関与するシグナル伝達経路を破壊することができる。メチル-β-シクロデキストリンとフィリピンIIIはどちらも細胞膜内のコレステロールを標的とし、それぞれコレステロールを抽出したり、コレステロールに結合したりして、TSPAN11が作用する脂質ラフトを破壊し、機能阻害につながる。ゲニステインはチロシンキナーゼ阻害剤として、TSPAN11を制御するシグナル伝達経路を破壊する。モネンシンは細胞内のイオン勾配を変化させ、TSPAN11の輸送と機能に影響を与える。最後に、ナイスタチンは、メチル-β-シクロデキストリンやフィリピンIIIと同様に、コレステロールに結合して脂質ラフトを破壊するため、これらの膜マイクロドメイン内でのTSPAN11の役割を阻害する。
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