TMEM56の化学的阻害剤は、細胞内シグナル伝達経路や、小胞輸送や膜輸送におけるTMEM56の役割に不可欠な構造成分を標的とする様々なメカニズムによって、TMEM56の機能的活性を阻害することができる。WortmanninとLY294002は、ホスホイノシチド3-キナーゼ(PI3K)経路を阻害することにより作用する。PI3K経路は、TMEM56に関連するものを含む多くの細胞機能に不可欠である。PI3Kを阻害することにより、これらの化学物質は、TMEM56が細胞内でその役割を効果的に果たすために重要な下流のシグナル伝達事象を混乱させる。同様に、Gö6976はプロテインキナーゼCを阻害することによって、細胞内シグナル伝達の別のノードに作用する。プロテインキナーゼCの活性化を阻害することにより、Gö6976はTMEM56が支配する、このキナーゼの活性に依存するプロセスを阻害することができる。
構造レベルでは、いくつかの化学物質が細胞骨格を標的にしており、これはTMEM56が関与している輸送機構に不可欠である。パクリタキセルとビンブラスチンは微小管に直接作用し、パクリタキセルは微小管を安定化し、ビンブラスチンは微小管の集合を阻害する。パクリタキセルは微小管を安定化させ、ビンブラスチンは微小管の集合を阻害する。どちらの作用も微小管ダイナミクスを破壊し、TMEM56の関連機能を阻害する。コルヒチンとノコダゾールも微小管の機能を破壊するが、それぞれ重合と脱重合を阻害することによって、細胞内輸送におけるTMEM56の役割をさらに阻害する。シトカラシンDはアクチンの重合を阻害することによってこの破壊に寄与し、TMEM56が関与する細胞プロセスに重要な細胞骨格のもう一つの主要な構成要素に影響を与える。さらに、Brefeldin AとMonensinは、それぞれ小胞体からゴルジ体へのタンパク質輸送を阻害し、膜を横切るイオン勾配を破壊することによって、輸送経路を妨害する。ダイナソアは、エンドサイトーシスと小胞輸送に不可欠なダイナミンを阻害することでこれらの効果を補完し、TMEM56の機能的活性をさらに阻害する。最後に、タンパク質のリン酸化状態を変化させるオカダ酸の役割は、関連するシグナル伝達経路の中でTMEM56の機能活性に影響を及ぼすようなカスケード効果をもたらす可能性がある。
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