TMEM49の化学的活性化物質には、その活性化につながる細胞内事象のカスケードを開始する様々な化合物が含まれる。フォルボール12-ミリスチン酸13-アセテート(PMA)はそのような活性化因子の一つで、プロテインキナーゼC(PKC)を直接標的とする。PMAによって活性化されると、PKCはTMEM49をリン酸化する。同様に、フォルスコリンは、cAMPレベルを上昇させることにより、TMEM49をリン酸化することができる別の酵素であるプロテインキナーゼA(PKA)を活性化し、それによってその活性化を促進する。フォルスコリンによるこのcAMPの上昇は、TMEM49の活性化につながる古典的な細胞内シグナル伝達メカニズムを示している。
細胞内シグナル伝達におけるカルシウムの役割はよく確立されており、イオノマイシンやA23187のような化学物質は細胞内カルシウムレベルを上昇させる作用があり、カルシウム依存性キナーゼを活性化することができる。これらのキナーゼはTMEM49をリン酸化し、その活性化につながる可能性がある。タプシガルギンは、カルシウムのホメオスタシスを破壊する能力を通して、同様のキナーゼを介したリン酸化プロセスにより、間接的にTMEM49の活性化を促進する。カリクリンAとオカダ酸はプロテインホスファターゼを阻害することによりTMEM49の活性化に寄与する。この阻害はタンパク質の脱リン酸化を減少させ、TMEM49をリン酸化された活性状態に維持する。ブレフェルジンAはゴルジ装置の機能を破壊し、TMEM49の活性化につながる経路を含む細胞のシグナル伝達経路に下流の影響を及ぼすことが知られている。ビスインドリルマレイミドIは、典型的なPKC阻害剤であるが、TMEM49のリン酸化と活性化をもたらす代償的な細胞機構を誘導することもある。フィンゴリモド(FTY720)はリン酸化された後、S1P受容体に関与し、TMEM49の活性化に寄与するシグナル伝達カスケードを引き起こす。酸化ストレスは細胞のシグナル伝達において重要な役割を果たしており、過酸化水素はそのようなストレス関連経路を通してTMEM49を活性化するシグナル伝達分子として働く。最後に、アニソマイシンはストレス活性化プロテインキナーゼを活性化する。この酵素はTMEM49をリン酸化し、細胞ストレスシグナルに反応して活性化することができる。これらの多様な化学物質は、細胞内シグナル伝達経路とキナーゼ活性への影響を通して、全てTMEM49の活性化に寄与している。
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