TMEM166アクチベーターは、オートファジーシグナル伝達カスケードの様々な構成要素を操作することにより、TMEM166のオートファジー機能を間接的に増強する多様な化学物質群である。フォルスコリン、ラパマイシン、トーリン1、サリチル酸などの化合物は、それぞれcAMP、mTOR、AMPKなどの細胞内シグナル伝達経路を調節することによってその効果を発揮し、これらはオートファジーの開始と進行に極めて重要である。フォルスコリンは細胞内のcAMPレベルを上昇させ、TMEM166と相互作用する基質のリン酸化につながる可能性があり、オートファジーにおけるその役割を高める。ラパマイシンとトーリン1は、オートファジーの負の制御因子であるmTORの阻害剤として、オートファゴソームの形成を増加させることによりTMEM166の活性を促進する可能性がある。また、サリチル酸はAMPKの活性化を通じてオートファジー経路を刺激し、オートファゴソーム形成におけるTMEM166の機能を高める可能性がある。
クロロキンやベラパミルのような他の活性化剤は、オートファジーの後期に影響を与え、クロロキンはオートファゴソームとリソソームの融合を阻害し、TMEM166の活性をより明白にするオートファゴソームの蓄積をもたらす。ベラパミルのカルシウムチャネル遮断作用はオートファジー誘導に関与しており、同様にTMEM166の役割を増幅する可能性がある。スペルミジン、カルバマゼピン、ニコチンアミド、そしてmTOR非依存性のオートファジー誘導剤であるトレハロースは、アセチルを阻害するなどの様々なメカニズムによって、TMEM166のオートファジー機能の増強に寄与している。
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