Swi1 アクチベーター

一般的な Swi1 活性化剤には、Suberoylanilide Hydroxamic Acid CAS 149647-78-9、Romidepsin CAS 128517-07-7、5- アザシチジン CAS 320-67-2、5-アザ-2'-デオキシシチジン CAS 2353-33-5、RG 108 CAS 48208-26-0。

Swi1アクチベーターという名称は、クロマチン構造と遺伝子発現の調節に役割を果たすことが知られているSwi1タンパク質を標的とし、その機能を増強する化学物質の一群に関連する。Swi1は、酵母からヒトまで進化的に保存されているクロマチンリモデリング複合体であるSWI/SNF（switch/sucrose non-fermentable）複合体の一部である。遺伝子制御の文脈では、Swi1はクロマチンのATP依存的なリモデリングに関与し、DNAを遺伝子発現を制御する転写因子や他のタンパク質がアクセスしやすい状態にする。したがって、Swi1の活性化因子は、SWI/SNF複合体のATPアーゼ活性を増加させたり、複合体をクロマチン上で安定化させたり、Swi1の機能を調節する他のサブユニットや調節因子との相互作用を促進させたりすることによって、SWI/SNF複合体のリモデリング活性を増強すると考えられる。

Swi1活性化因子がその効果を発揮する生化学的・分子生物学的メカニズムを理解するには、多面的なアプローチが必要である。生化学的レベルでは、ATPアーゼ活性を測定するアッセイによって、Swi1活性化因子がクロマチンのエネルギー依存性リモデリングにどのような影響を及ぼすかが明らかになるだろう。さらに、精製Swi1タンパク質と活性化因子を用いた結合研究によって、活性化因子のSwi1に対する親和性や活性化因子の結合によって引き起こされる構造変化など、相互作用のダイナミクスを明らかにすることができる。分子レベルでは、SWI/SNF複合体によって制御されていることが知られている遺伝子の発現の変化を評価することによって、Swi1活性化因子の影響を評価することができる。クロマチン免疫沈降法（ChIP）のような手法とシークエンシングを用いることで、活性化因子の存在下でSwi1がSWI/SNF複合体を積極的にリクルートしているクロマチン領域を同定し、Swi1の活性化がクロマチン構造と遺伝子発現パターンにどのような影響を与えるかをゲノムワイドに見ることができる。これらの方法を通して、クロマチン構造の調節におけるSwi1活性化因子の役割と、それに続く遺伝子制御への影響を解明することができた。