SULT1B1阻害剤は、主にSULT1B1酵素の活性部位に結合することによって機能し、それによってその正常な硫酸化活性を阻害する。天然に存在するフラボノイドであるケルセチンのような化合物は、SULT1B1を含む様々な硫酸転移酵素の結合部位で基質と競合することがある。同様に、メフェナム酸、ナプロキセン、インドメタシンなどの非ステロイド性抗炎症薬も、一部の硫酸転移酵素に対して阻害傾向を示している。これらは基質を模倣することにより酵素の活性部位を占有することで機能する。
さらに、サリチル酸やビスフェノールAのような化合物は硫酸化プロセスを阻害し、SULT1B1活性に影響を及ぼす可能性がある。ナリンゲニンのような天然化合物やDHEA(デヒドロエピアンドロステロン)のような内因性化合物は、特定のSULTの活性部位に競合的に結合することで阻害作用を示す。その他の注目すべき阻害剤にはタモキシフェンやダウノルビシンがあり、これらはSULTの主要阻害剤ではないが、特定の硫酸転移酵素メンバーに対して阻害作用を示すことがある。内因性ステロイドホルモンであるエストラジオールもまた、活性部位を競合して特定のSULTを阻害することがある。
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