SMAP1の化学的阻害剤は、主にそれが関与する細胞内経路を破壊することにより、様々なメカニズムでその機能を阻害することができる。例えば、Wortmanninはホスホイノシチド3-キナーゼ(PI3K)を標的とすることでSMAP1に阻害効果を発揮する。PI3Kは、エンドサイトーシスリサイクルにおけるSMAP1の機能に不可欠なプロセスである膜輸送において重要な役割を果たす。同様に、ダイナソアは、クラスリンを介するエンドサイトーシスに不可欠なGTPaseであるダイナミンを阻害することによって、SMAP1に関連するエンドサイトーシスのプロセスを弱体化させる。シトカラシンDはアクチン重合を阻害するが、これはSMAP1がアクチン細胞骨格の再配列に関与していることから重要であり、したがってこれらを阻害することはSMAP1の関連機能を損なう可能性がある。
さらに、ML141のような特異的阻害剤は、SMAP1がシグナル伝達経路で相互作用する分子であるCdc42を阻害することによって、SMAP1の活性を低下させることができる。SMAP1に対するラトルンクリンBの影響は、アクチンに基づくプロセスにおけるSMAP1の役割にとって極めて重要なアクチンフィラメントの不安定化に起因している。対照的に、パクリタキセルとノコダゾールは、微小管ダイナミクスを変化させることによって効果を発揮する。パクリタキセルは微小管を安定化させ、ノコダゾールは微小管を脱重合させる。CK-666はArp2/3複合体を阻害し、その結果、Arp2/3を介したアクチン集合に関与するSMAP1の機能を阻害する。細胞運動タンパク質との関連では、ブレッビスタチンによるミオシンIIの阻害が、細胞内輸送におけるSMAP1の機能を阻害する可能性がある。YM201636は、PIKfyveキナーゼを阻害することにより、PI3P依存的なエンドソーム輸送におけるSMAP1の役割を阻害することができ、SecinH3はシトヘシンを標的として、SMAP1が関連する経路であるArf6の活性化を阻害する。最後に、Pitstop 2はクラスリンを介したエンドサイトーシスのプロセスをブロックし、それによってクラスリン被覆小胞形成におけるSMAP1の制御的役割を阻害する。これらの化学物質はそれぞれ、SMAP1の完全な機能的活性に必要な特定の細胞成分や経路を標的とし、その阻害をもたらす。
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