カンプトテシンとエトポシドは、DNAに切断を導入するトポイソメラーゼ阻害剤である。これらの切断は、SLX1A/B_SLX1複合体が修復に動員される病変となる。このような病変の頻度が増加すると、細胞の修復能力が飽和し、基質が過剰になるため複合体が間接的に阻害されることになる。同様に、マイトマイシンCとシスプラチンも、それぞれDNA架橋と付加体を形成することによって、DNA修復システムに大きな負担をかける。修復の要求に追いつこうと奮闘するため、複合体の機能は間接的に阻害され、正常な細胞周期を乱し、修復不可能な損傷であれば細胞死に至る可能性がある。ヒドロキシ尿素のような他の阻害剤は、リボヌクレオチド還元酵素を阻害することによって、DNAの構成要素であるデオキシヌクレオチド三リン酸(dNTP)の利用可能性を低下させる。この制限により、修復中のDNA合成が損なわれ、間接的にSLX1A/B_SLX1複合体に影響を及ぼす可能性がある。同様に、アフィジコリンはDNAポリメラーゼ活性を阻害することにより、複製ストレスを引き起こし、SLX1A/B_SLX1複合体の基質である複製フォークの停滞を蓄積させる。その結果、複合体の修復能力が枯渇してしまう。
ATR阻害剤VE-821やATMキナーゼを阻害するKU-55933など、DNA損傷応答における主要なシグナル伝達分子を標的とする阻害剤は、DNA修復を調整する細かく調整された制御機構を混乱させる。これらの障害は、損傷に応答するSLX1A/B_SLX1複合体のリクルートメントや活性を変化させることにより、間接的にSLX1A/B_SLX1複合体に影響を及ぼす可能性がある。DNA-PKcs阻害剤であるNU7441とMRE11阻害剤であるMirinは、SLX1A/B_SLX1複合体を必要とする経路と交差する経路に影響を与え、それによって経路ダイナミクスの変化を通してその活性を調節する。最後に、RAD51阻害剤であるB02は、SLX1A/B_SLX1複合体も関与する相同組換えに関わる重要なタンパク質の一つを阻害する。この阻害は、複合体にとってDNA修復の負荷の増加につながり、また複合体が圧倒的な数の基質に直面するため、間接的な阻害につながる。
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