SLC41A2の化学的阻害剤は、様々なメカニズムで機能し、マグネシウムのホメオスタシスを維持するタンパク質の能力を阻害する。例えば、アミロリドはNa+/H+交換を阻害し、細胞内pHの変化を引き起こす。このようなpHの変化は、SLC41A2がマグネシウムを適切に輸送するために必要とするイオン環境を破壊し、その機能を阻害する。同様に、ベラパミル、ニフェジピン、ジルチアゼムなどのカルシウム拮抗薬は、細胞内のカルシウム濃度を変化させる。カルシウム輸送系とマグネシウム輸送系は相互に関連している可能性があるため、これらの薬剤によるカルシウムの恒常性の乱れは、間接的にSLC41A2のマグネシウム輸送活性を阻害する可能性がある。これらのチャネルの遮断は、SLC41A2の機能にとって重要な二価陽イオンの微妙なバランスに影響を及ぼす。
さらに、電位依存性カリウムチャネルを遮断するキニーネの作用は、膜電位に影響を及ぼし、その結果、SLC41A2がマグネシウム輸送に必要とする電気化学的勾配に影響を及ぼす可能性がある。イミプラミンとクロルプロマジンは、それぞれNa+/Ca2+交換とドーパミンおよびカリウムチャネルを阻害することにより、阻害に寄与する。これらの障害は、膜電位と神経伝達物質のシグナル伝達に下流の影響を及ぼし、SLC41A2を介する輸送機構にとって不利な条件を作り出す。オメプラゾールのようなプロトンポンプ阻害剤は、プロトン勾配とpHレベルの変化を誘発することによってSLC41A2をさらに阻害し、タンパク質が依存するイオン勾配に影響を与える。カルバコールは、アセチルコリン受容体の活性化を通じて細胞内カルシウム濃度を上昇させ、2価陽イオンのバランスを乱すことによってSLC41A2を阻害する可能性がある。リドカインやプロプラノロールのような他の薬剤は、それぞれ細胞膜の電気勾配とβアドレナリンシグナル伝達を変化させるが、これは間接的にSLC41A2の機能を阻害する変化である。最後に、チオリダジンは、カリウムチャネルとカルシウムチャネルを阻害することにより、膜電位と細胞内カルシウムレベルの変化を誘発し、SLC41A2のマグネシウム輸送活性を阻害すると考えられる。それぞれの化学物質は、細胞内経路とイオンチャネルへの明確な作用を通して、最終的にSLC41A2の機能を阻害するメカニズムに収束する。
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