RecQL1は、DNA修復過程における重要な役割を担っているが、様々な化学的阻害剤によって調節される。エリプチシンは、RecQL1のDNA結合部位と相互作用することによってRecQL1を直接阻害し、DNA構造をほどく能力を阻害し、ゲノムの不安定性を増大させる。ノボビオシンとシプロフロキサシンは、それぞれDNAジャイレースを標的とし、DNAトポイソメラーゼIIを阻害することにより、間接的にRecQL1に影響を及ぼす。これらの作用はDNAの複製とプロセシングを阻害し、DNAの修復と維持におけるRecQL1の役割に影響を与える。NSC 19630とNSC 617145は、RecQL1のヘリカーゼ活性を直接阻害する合成化合物である。これらの直接阻害は、DNA構造をほどくRecQL1の機能に影響を及ぼし、DNA修復過程に混乱をもたらし、DNA損傷剤に対する感受性を高める可能性がある。
6-チオグアニンとテニポシドは、それぞれDNAへの取り込みとDNAトポイソメラーゼIIを阻害することにより、間接的にRecQL1を調節する。これらの作用はDNAの構造とプロセッシングを変化させ、RecQL1とDNAとの相互作用に影響を与え、DNA修復過程の障害に寄与する。モネンシン、トリフルオペラジン、アクリジンオレンジ、ベルベリン、エトポシドは、イオンの恒常性を乱したり、カルシウム濃度に影響を与えたり、DNAとインターカレートしたり、細胞代謝を調節したりするなど、さまざまなメカニズムを通じて間接的にRecQL1に影響を与える。これらの間接的な修飾は、DNA修復過程におけるRecQL1の機能に影響を与え、ゲノムの安定性の障害につながる可能性がある。
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