Ppatの化学的阻害剤には、ヌクレオチドの生合成と代謝のさまざまな側面を標的とし、それによって間接的にPpatの機能的活性を低下させるさまざまな化合物が含まれる。ジヒドロ葉酸還元酵素の阻害剤として知られるメトトレキサートは、核酸合成におけるPpatの活性にとって重要な基質であるプリンヌクレオチドレベルを低下させる。同様に、ミコフェノール酸とリバビリンは、グアニンヌクレオチドの生産に極めて重要な酵素であるイノシン一リン酸デヒドロゲナーゼを阻害するため、Ppatの作用に利用可能な基質が減少する。クロファラビンとフルダラビンは、リボヌクレオチド還元酵素を標的とする。リボヌクレオチド還元酵素は、リボヌクレオチドをデオキシヌクレオチドに還元する酵素で、Ppatが関与するDNA合成と修復機構に不可欠である。クラドリビンとヒドロキシ尿素もリボヌクレオチド還元酵素を阻害するが、分子間相互作用は異なるものの、デオキシヌクレオチド三リン酸プールの減少という結果に収束し、間接的にPpat活性に影響を与える。
チアゾフリンという化学物質は、Ppatが関与する酵素反応を含む多くの酵素反応に必要な補酵素であるNADのレベルを低下させ、間接的に酵素を阻害する。6-メルカプトプリンや6-チオグアニンなどのプリンアナログは核酸に取り込まれ、プリン代謝を阻害する。アシクロビルは、一旦リン酸化されて活性な三リン酸の形になると、DNAポリメラーゼを阻害し、ヌクレオチドプールが減少し、その結果、基質が不足するためPpat活性が低下する。最後に、もう一つのヌクレオシドアナログであるゲムシタビンは、リボヌクレオチド還元酵素を阻害し、核酸生合成においてPpatが効果的に機能するのに必要なヌクレオチドプールを減少させる。これらの化学物質は、それぞれ異なる生化学的相互作用を通して、Ppatの活性に不可欠なヌクレオチドレベルと利用可能性を低下させ、最終的にその機能を阻害するという共通の結果に収束する。
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